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split_fastafile
fastafileを分割、131024
131024_splitfile_fastafile .zip
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makeblastbatfile
blastのbatchfileを作成(数字を変えてくれる)。
131018_printblast.zip
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forlibrarylength_from_mappingtocontigs
pairendのreadを自身から作成されたコンティグにマッピングした結果からライブラリ長を計算。
100bp以下の長さも出力。131021
131021_forlibrarylength.zip
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forlibrarylength_from_selfmapping
pairのread自身へマッピングし、一致した塩基の数からライブラリ長を推定。
131021_forlibrarylength_pickupmatchid(fo
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eliminatefromfastafile
hashへreadIDを入れて、それと一致したものをfastaから除く
130425pickupmatchid(folder) .pl.txt
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TAIR10_annotation付加
TAIR10DBに対してBLASTxを行ったblastresult, およびBlastに用いたquery, TAIR10アミノ酸DBを用いて塩基のfastaファイルにArabiのアノテーションを付加できる
ファイルをいじればrefseqなどでも対応可能
TAIR10_annotation付加.pl.txt
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fasta改行除き
IDおよび配列行からなるfastaファイルの内、配列行部分に存在する改行を取り除き、配列行を一行にする
fasta改行除き.pl.txt
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