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研究内容
寄生植物ネナシカズラ
二次原形質連絡
mRNA移行
sRNA移行
付着器形成
探索糸細胞
吸器内通導組織分化
寄生トランスクリプトーム
Parasitic plant - Cuscuta
Secondary plasmodesmata
mRNA movement
sRNA movement
Holdfast formation
Searching hyphae
Haustorial vascular cells
Transcriptome analysis of parasitic plant
寄生植物フェリパンキ
フェリパンキ抵抗性遺伝子
吸器内の師管
ゲノムエンジニアリング
低光量耐性
Research
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プロトコル等
Kmのstock solutionの作成
MT種取
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Functional Genomics Lab
プロトコル等
perl script
split_fastafile
fastafileを分割、131024
131024_splitfile_fastafile .zip
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467 Bytes
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makeblastbatfile
blastのbatchfileを作成(数字を変えてくれる)。
131018_printblast.zip
Compressed Archive in ZIP Format
508 Bytes
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forlibrarylength_from_mappingtocontigs
pairendのreadを自身から作成されたコンティグにマッピングした結果からライブラリ長を計算。
100bp以下の長さも出力。131021
131021_forlibrarylength.zip
Compressed Archive in ZIP Format
1.4 KB
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forlibrarylength_from_selfmapping
pairのread自身へマッピングし、一致した塩基の数からライブラリ長を推定。
131021_forlibrarylength_pickupmatchid(fo
Compressed Archive in ZIP Format
794 Bytes
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eliminatefromfastafile
hashへreadIDを入れて、それと一致したものをfastaから除く
130425pickupmatchid(folder) .pl.txt
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1.2 KB
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TAIR10_annotation付加
TAIR10DBに対してBLASTxを行ったblastresult, およびBlastに用いたquery, TAIR10アミノ酸DBを用いて塩基のfastaファイルにArabiのアノテーションを付加できる
ファイルをいじればrefseqなどでも対応可能
TAIR10_annotation付加.pl.txt
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2.0 KB
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fasta改行除き
IDおよび配列行からなるfastaファイルの内、配列行部分に存在する改行を取り除き、配列行を一行にする
fasta改行除き.pl.txt
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503 Bytes
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